Задачи и исполнители

На мой взгляд задачи биоинформатиков можно с определённой долей уверенности разделить на два группы:

– эффективно использовать существующие инструменты, максимально подходящие для выполнения работы и наиболее точно интерпретировать полученные результаты.

– разрабатывать новые инструменты (как минимум модифицировать существующие) для повышения производительности выполнения типовых работ, реализации новых алгоритмов и подходов, перенесения на другие языки программирования, включения в базы данных новой информации и т.д.

Разумеется, один и тот же человек может выполнять оба типа задач, и в определенные моменты переходить от одного типа к другому: например, столкнувшись с проблемами использования существующих инструментов, человек может попробовать реализовать свой подход, с другой стороны собственные реализации могут с лёгкостью быть превзойдены ПО, созданным другими разработчиками. Да и создав приемлемый инструмент можно перейти к его планомерному использованию, не впадая в перфекционизм и оптимизируя время выполнения в надежде получить выигрыш в несколько сотых секунды.

Такая классификация может быть успешно оспорена, но в заключении я ещё сделаю одно замечание. Даже не имея опыта в программировании вы, используя некий набор инструментов уже можете постепенно переходить ко второй категории задач, создавая средства автоматизации, пакетной обработки данных, конвейеры, последовательно осуществляющие обработку данных. А уж сколько всего было и будет придумано вокруг обработки данных выравнивания BLAST’ом! Сколько однострочников было запущено для тестового парсинга данных! Сколько информации было безвозвратно отправлено в /dev/null!

Добавить комментарий

Ваш e-mail не будет опубликован. Обязательные поля помечены *